La Coordinación para la Protección y Promoción de los Derechos Humanos, como Unidad Administrativa adscrita a la Subsecretaría de Gobierno de la Secretaría de Gobierno del Poder Ejecutivo del Estado de Querétaro, está encargada de fomentar y difundir entre las y los servidores públicos, la cultura de respeto a los derechos humanos. Proporciona orientación y asesoría en materia de derechos humanos a las dependencias del Poder Ejecutivo; mantiene una colaboración y comunicación constante y permanente con los organismos garantes de derechos humanos y las diversas instancias de protección y promoción de estos.

Las facultades de la coordinación para la Protección y promoción de los Derechos humanos, se encuentran previstas en el artículo 24 del Reglamento Interior de la Secretaría de Gobierno:
"Artículo 24. Son atribuciones de la Coordinación para la Protección y Promoción de los Derechos Humanos":
I. Fomentar y difundir entre los servidores públicos del Poder Ejecutivo del Estado, la cultura del respeto a los derechos humanos;
II. Vigilar el respeto de los derechos humanos por parte de los servidores públicos del Poder Ejecutivo del Estado, y realizar las acciones necesarias para prevenir su conculcación y para asegurar su debida protección;
III. Intervenir, conforme a las normas aplicables en la investigación y seguimiento de quejas, propuestas de conciliación y recomendaciones relativas a derechos humanos, respecto de servidores públicos del Poder Ejecutivo del Estado, así como en las visitas que determine la Comisión Nacional de Derechos Humanos y la Comisión Estatal de Derechos Humanos en cualquiera de sus dependencias e instancias;
V. Coadyuvar en los procedimientos de responsabilidad administrativa y en el ejercicio de acciones en contra de servidores públicos del Poder Ejecutivo del Estado, a quienes se imputen actos violatorios de los derechos humanos;
V. Colaborar con la Secretaría de la Contraloría y demás áreas de control interno de las instancias públicas, en los asuntos de que conozcan y que involucren posibles violaciones a los derechos humanos, y en el diseño e implantación de medidas preventivas para evitar su conculcación;
VI. Mantener colaboración y comunicación permanente entre el Poder Ejecutivo y la Comisión Nacional de Derechos Humanos, la Comisión Estatal de Derechos Humanos, y las diversas instancias de protección y promoción de los derechos humanos;
VII. Dar capacitación permanente a los servidores públicos del Poder Ejecutivo, así como a aquellos que formen parte de otras instancias públicas y privadas que lo soliciten, en materia de derechos humanos, principalmente para asegurar su debida protección y respeto, procurando para ello la participación de las áreas académicas y de investigación correspondientes y la organización de eventos para esos fines;
VIII. Asesorar a los titulares de las dependencias del Poder Ejecutivo en materia de derechos humanos;
IX. Colaborar con los consejos ciudadanos y demás instancias públicas y privadas orientadas a la protección y promoción de los derechos humanos y al impulso de la cultura de respeto a los mismos; y
X. Las demás que le confieran otros ordenamientos legales y reglamentarios aplicables o aquellas que determine el Titular del Poder Ejecutivo, el Secretario o el Subsecretario de Gobierno.